4.01 A la dérive  (Adrift) **** Toujours à la dérive dans l'espace, l'expédition Atlantis tente de trouver une ressource d'énergie avant que le bouclier de la cité ne cède au vide spacial. L'espace habitable de la cité se réduit dangereusement alors qu'elle traverse un champs d'astéroïdes.

4.02 Dernier recours  (Lifeline) ***** L'équipe de Sheppard se rend sur le monde des Asurans afin de prendre possession d'un E2PZ qui permetterait de restaurer les systèmes de la cité et de rejoindre leur nouvelle planète. Le Colonel Carter arrive ensuite à localiser Atlantis au moment où les choses se compliquent.

4.03 Retrouvailles  (Reunion) **** Le Colonel Carter prend la direction de l'expédition Atlantis alors que Ronon rencontre d'anciens membres de son peuple qui ont réussit à fuir Sateda. Il réfléchit alors à la possibilité de les rejoindre et de quitter Atlantis.

4.04 Cauchemar sur Atlantis  (Doppelganger) ** Par mégarde, le Colonel Sheppard réveil une vie cristaline qui va investir les rêves des membres de l'équipe sous la forme de Sheppard pour installer le trouble dans leur esprit. Cette chose semble être transmise par le contact, Carter décide de retrouver la dernière personne infectée.

4.05 Les voyageurs  (Travelers) *** Sheppard est capturé par un peuple ayant prit le contrôle d'un vaisseau de classe Aurora des Anciens et qui désir utiliser ses capacités à piloter l'appareil grâce au gène spécifique de cette espèce. Mais l'arrivée d'un vaisseau wraith boulverse ce plan.

4.06 Perte de mémoire  (Tabula rasa) *** Rodney se reveil et ne se rappel plus d'Atlantis, il suit ses propres instructions trouvés sur son ordinateur alors que les membres de l'expédition oublient peu à peu leurs souvenirs, certains sont même placés en quarantaine. Mais Teyla et Ronon ne semblent pas affectés.

4.07 Seules contre tous  (Missing) ** Teyla accompagnée du Dr Keller se rend sur la nouvelle planète de son peuple, les Athosiens. Mais une fois arrivées, elles constatent que les Athosiens ont disparu et elles se retrouvent même prises en chasse par des hommes primitifs.

4.08 Le prophète  (The seer) **** L'équipe de Sheppard rencontre un homme doté d'étranges pouvoirs profetiques et le ramène sur Atlantis afin d'effectuer des analyses sur lui alors qu'il montre au Colonel Carter un avenir tragique pour la cité. Et cet homme affirme que les visions finissent par se produire.

4.09 Programmation mortelle  (Miller's crossing) *** Rodney et sa soeur, Jeannie Miller, se font enlever par le dirigeant d'une firme médicale qui désire utiliser leurs connaissances en nanotechnologie afin de sauver sa fille touchée par une maladie incurable. Sheppard, Ronon et l'agent Barett lancent alors des recherches.

4.10 Double collision  (This mortal coil) ***** Un objet inconnu s'écrase sur la cité, l'équipe se demande alors si un de leurs ennemis les a localisé. Mais la découverte du Dr Weir sur Atlantis et l'attitude étrange de certains membres de l'expédition laissent penser que les apparences peuvent être trompeuses.

4.11 Alliance forcée  (Be all my sins remember'd) ***** L'expédition ne possède pas assez de forces pour lutter contre les réplicateurs qui éliminent les mondes humains dans leur guerre contre les wraiths. Le Colonel Carter autorise alors une alliance de circonstance avec plusieurs peuples dont quelques ruches wraiths.

4.12 Conséquences  (Spoils of war) **** L'équipe de Sheppard et Lorne découvrent un vaisseau ruche abandonné en suivant le signal de la balise de Todd et l'utilise pour se rendre dans un laboratoire secret de la base de données. Ils trouvent Todd prisonnié et découvre le secret qui permet aux Wraiths d'être si nombreux.

4.13 Quarantaine  (Quarantine) *** Les membres de l'expédition sont étonnés de trouver toutes les portes fermées, la cité c'est étrangement placée en mode de verrouillage, laissant toute les issues bloquées par sécurité et pour empêcher toute infection. Les membres sont alors dispersés en plusieurs groupes.

4.14 Harmony  (Harmony) ** Un peuple demande au Colonel Sheppard et au Dr McKay de protèger leur future reine pendant son périple initiatique dans la forêt. Il s'agit en réalité d'une jeune fille qui doit se plier à cette tradition pour obtenir le rang de reine mais le parcours s'annonce plus délicat que prévu.

4.15 Banni (Outcast) ** Sheppard retourne sur Terre, accompagné de Ronon, pour assister à l'enterrement de son père. Il revoit alors son ex-épouse et son frère qui lui reproche d'être parti sans nouvelles depuis longtemps. Mais rapidement, Sheppard et Ronon sont demandés pour une mission.

4.16 Trio  (Trio) ** En exploration pour aider une peuple le Colonel Carter, McKay et le Dr Keller se retrouvent piègés dans une pièce sous la surface après que le sol se soit éffondré sous leurs pieds. Mais ils doivent sortir au plus vite car des tremblements de terre surviennent, l'édifice est instable.

4.17 Infiltration Wraith  (Midway) ***** Les membres de l'équipe doivent être interrogés par un conseil sur Terre. Mais lorsque c'est le tour de Ronon, le Colonel Carter fait appel à Teal'c, afin de l'aider à garder son calme. Il y a tension entre les deux hommes, mais arrivé à la station intermédiaire une attaque se produit.

4.18 Hybrides partie 1  (Kindred part 1) *** Teyla fait des rêves où elle voit le père de son enfant qui lui demande de l'aide. Elle sent alors qu'elle peut retrouver son peuple disparu. Elle cherche à prévenir Sheppard mais elle se retrouve finalement prisonnière de Michael qui a des projets pour son futur enfant.

4.19 Hybrides partie 2  (Kindred part 2) **** L'équipe s'est rendu dans une des bases de Michael afin de retrouver Teyla mais ils y trouvent un autre prisonnier innatendu, le Dr Beckett. Il leur raconte que Michael l'a forcé à l'aider dans la création d'hybrides depuis prêt d'un an. Carson Beckett se joind à eux pour chercher Teyla.

4.20 Le dernier homme  (The last man) ***** Le Colonel Sheppard retourne sur Atlantis en empruntant la porte après l'absence d'un contact Genii au point de rendez-vous prévu. Mais à son arrivée il ne trouve personne, la cité semble abandonnée et il constate alors qu'Atlantis est maintenant au milieu d'un gigantesque désert.