3.01 Menace sur la Terre  (No man's land) **** Après avoir trahi Atlantis, les Wraiths sont en route pour la Terre. Le Dédale tente de s'y opposer tandit que Rodney et Ronon sont prisonniés à bord du vaisseau ruche de Michael. Mais Sheppard a réussi à suivre le vaisseau et parvient à s'infiltrer pour rechercher ses amis.

3.02 Transformation  (Misbegotten) *** Le Dédal décide d'envoyer le rétrovirus sous forme de gaz sur le vaisseau ruche car il a subit de graves dommages et l'air disparait rapidement, l'équipage pourrait alors prendre en mains le vaisseau ruche et ainsi rentrer sur Atlantis.

3.03 Irresistible  (Irresistible) ** L'équipe rencontre un personnage troublant dans un village modeste qui semble être apprécié de tous mais il semble profiter grandement de cette situation. Arrivé sur Atlantis, les membres de l'expédition le trouve rapidement sympatique.

3.04 Face à face  (Sateda) **** L'équipe est faite prisonnière par des villageois qui reconnaissent Ronon et décident de le livrer aux Wraiths. Il doit alors faire face une nouvelle fois à des Wraiths qui ont pour objectif de le chasser sur sa planète d'origine "Sateda".

3.05 Copies conformes  (Progeny) **** L'équipe du Colonel Sheppard rencontre une nouvelle civilisation avancée qui ressemble étrangement à celle des Anciens et qui possède même sa propre version de la cité d'Atlantis mais il prétendent avoir été trahis par les Anciens il y a longtemps.

3.06 Le monde réel  (The real world) *** Le Dr Elizabeth Weir se réveil dans un hôpital où on lui apprend qu'Atlantis n'a jamais existée, seulement dans son imagination, et que dans le monde réel l'exporation interplanétaire secrète de l'armée n'existe pas.

3.07 Intérêts communs  (Common ground) ***** L'équipe subit une attaque sur un monde inhabité et Sheppard est fait prisonnier par un ancien genii qu'il connait bien. Il se retrouve dans une cellule à côté de celle d'un wraith qui semble différent de part son comportement. Il est prisonnié depuis bien longtemps.

3.08 La guerre des génies  (McKay and Mrs. Miller) ***** Le Col. Carter fait appel à Jeannie Miller qui est une brillante scientifique et pourrait apporter une aide précieuse à l'expédition Atlantis. Elle s'avère être la soeur de Rodney Mckay qui ne l'a pas revu depuis 4 ans, ayant mit de côté sa carrière scientifique pour sa vie de famille.

3.09 La machine infernale  (Phantoms) *** Lorsqu'une équipe ne fait pas son rapport d'une planète inconnue, Sheppard et son équipe partent rendre compte de la situation mais ils vont se retrouvés exposé à une machine qui trouble leur perception et leurs sens.

3.10 Exil forcé partie 1  (The return) ***** L'expédition Atlantis a réussie à mettre en place un pont intergalactique entre la cité et le SGC. Mais la rencontre avec un vaisseau des Anciens oblige l'expédition à rendre la cité aux premiers habitants Lantiens et à regagner la Terre.

3.11 Exil forcé partie 2  (The return II) ***** Le Colonel O'Neill et Richard Woolsey se retrouvent piegés sur Atlantis lorsque les Anciens subissent une attaque des réplicateurs. Malgré les interdictions, le Dr Weir et son équipe, aidés de Ronon et Teyla, tentent de reprendre la cité.

3.12 Le chant des baleines  (Echoes) **** Les membres de l'expédition commencent à avoir des visions et Teyla pense qu'il s'agirait de personnes voulant de l'aide mais la vérité s'avère être toute autre lorsque les créatures aquatiques de la planète se dirigent vers Atlantis.

3.13 Invincible  (Irresponsible) *** Lorsque Sheppard et son équipe arrive dans un petit village, ils rencontrent de nouveau Lucius Lanvin qui utilise la technologie des Anciens pour être respecté de tous mais l'arrivé d'un genii boulverse ses plans.

3.14 Le péril de la sagesse  (Tao of Rodney) **** Rodney se découvre de nouveaux pouvoirs mentaux très puissants après s'être placé sur une plateforme dans un laboratoire de la cité mais ces nouvelles capacités se révèlent rapidement difficiles à contrôler.

3.15 Les jeux sont faits  (The game) *** Depuis quelques temps, Sheppard et Mckay jouent à un jeu de stratégie où deux camps s'affrontent. En visitant un monde, l'équipe découvre qu'il se déroule la même situation et que le jeu semble de plus en plus réel.

3.16 Ames en détresse  (The ark) ** L'équipe découvre une station orbitale construite dans une lune et qui semble abriter une civilisation en sommeil, le réveil de l'un d'entre-eux complique les choses et la sécurité de la station est compromise.

3.17 Une question d'éthique  (Sunday) **** C'est un dimanche pésible sur la cité d'Atlantis lorsqu'une explosion se produit et provoque d'importants dégats, toute l'expédition est en alerte et d'autres explosions pourraient se produire sous peu, la cité n'est plus sûre.

3.18 Immersion  (Submersion) *** L'équipe part explorer une station hydrolique sous-marine de la cité qui semblait servir à produire de l'énergie, les lieux semblent déserts jusqu'à ce que Teyla sente une présence. L'équipe par fouiller la plateforme au cas où des Wraiths se soient réveillés.

3.19 L'équilibre parfait  (Vengeance) ** L'équipe de Sheppard se retrouve aux prises avec des créatures mutantes possèdant des caractères de Wraiths, elles ont tué les habitants de Taranis et ont été élaborés dans les installations souterraines de la planète.

3.20 Nom de code: Horizon  (First strike) ***** L'arrivée d'un nouveau vaisseau terrien, l'Orion, sur la cité permet la mise en place d'un plan d'attaque contre la planète des Asurans mais les réplicateurs sont redoutables et peu après l'offensive, la cité subit une attaque qui semble provenir d'une porte des étoiles en orbite.