2.01 Sous le feu de l'ennemi  (The siege part 3) ***** Suite au siège et à l'arrivée d'un nouveau contingent millitaire sur la cité, le Dédale porte assistance à Sheppard et défend Atlantis en attaquant les ruches en orbite. Mais les Wraiths sont nombreux, un plan est alors mis en place pour faire croire à la disparition de la cité.

2.02 I.A.  (The intruder) *** De retour sur Atlantis après un voyage sur Terre, l'équipe se retrouve piègée à bord du Dédale quand une intelligence artifficielle crée par les Wraiths prend le contrôle du vaisseau. Elle lance alors une alerte subspaciale qui risque d'attirer les Wraiths.

2.03 Chasse à l'Homme  (Runner) **** Quand une équipe en mission découvre un corps de wraith à qui on a prélevé son enzyme, Sheppard, McKay et Teyla partent à la recherche du Lieutenant Ford, disparu depuis qu'il a subit une ponction de wraith et l'a rendu dépendant de cette enzyme spécifique.

2.04 À corps perdu  (Duet) **** En mission avec le Dr Beckett et le Lieutenant Cadman, McKay et celle-ci sont capturés par un dart alors que Beckett y échappe de peu. Sheppard arrive à toucher l'appareil mais une fois au sol, l'équipe doit les rematérialiser mais l'appareil ne les reconnais plus.

2.05 Les condamnés  (Condemned) *** Sheppard et son équipe arrive sur un nouveau monde à bord d'un jumper, ils se font alors attaquer par un peuple primitif mais leurs projectiles parviennent à les faire s'écraser. L'équipe est alors faite prisonnière tandit que le Dr. Weir part à leur recherche.

2.06 L'expérience interdite  (Trinity) ** L'équipe découvre un monde détruit et suppose que cela serait le résultat d'une attaque wraith lorsqu'ils découvrent un reste de ruche en orbite. Mais la découverte d'une expérience des Anciens qui pourrait être une nouvelle source puissante d'énergie permet d'autres suppositions.

2.07 Instinct  (Instinct) *** L'équipe arrive dans un village qui leur apprend qu'un wraith semble vivre seul dans la forêt environnante et se nourrit de certains habitants. Sheppard décide de les aider en le cherchant mais découvre qu'un homme se cache dans cette forêt et protège une jeune femelle wraith.

2.08 Mutation  (Conversion) *** De retour sur Atlantis, le Colonel Sheppard est mis en observation après qu'il est été blessé par Elia, un wraith muté. Mais sa guérison soudaine laisse penser qu'il a été affecté dans son organisme. Sheppard commence alors étrangement à se sentir plus fort.

2.09 L'Aurore  (Aurora) **** L'équipe détecte la trace d'un vaisseau des Anciens, Sheppard et McKay monte à bord. Ils y découvrent des habitants plongés dans un sommeil artificiel. Sheppard décide de les rejoindre quand McKay découvre qu'il s'agit de l'Aurore, un vaisseau qui devait retourner sur Atlantis.

2.10 L'union fait la force partie 1  (The lost boys) **** L'équipe est surprise de constater que c'est le Lieutenant Ford qui les a fait prisonniers. Il veut leur faire prendre de l'enzyme wraith afin de les rendre plus forts mais l'équipe ne cède pas. Elle doit pourtant l'aider pour une mission sur un vaisseau ruche.

2.11 L'union fait la force partie 2  (The hive) **** La mission est un échec et l'alerte est donnée. Ils sont finalement capturés et Sheppard est ammené devant la reine tandit que Ronon et Ford tente de s'évader. Pendant ce temps, le Dr McKay finit par rejoindre Atlantis et prévient le Dr Weir du danger de cette mission.

2.12 Tempus fugit  (Epiphany) **** En exploration sur une planète, l'équipe découvre une source d'énergie à l'entrée d'une grotte dans la montagne. Il semble s'agir d'un portail, Sheppard l'emprunte et se retrouve piègé dans la grotte. McKay réalise alors que le temps s'écoule beaucoup plus vite à l'intérieur.

2.13 Masse critique  (Critical mass) *** La situation sur Atlantis est grave, le SGC a apprit qu'un Goa'uld a réussit à introduire une bombe sur la cité et qu'elle doit exploser si l'expédition ouvre un vortex. L'équipe est prévenue à temps et commence à enqueter sur le potentiel traitre sur la cité.

2.14 L'ivresse des profondeurs  (Grace under pressure) *** Suite au crash d'un jumper dans l'océan d'Atlantis, le Dr McKay se retrouve piègé à grande profondeur et ne peut contacter la cité. Il doit rapidement trouver une solution pour remonter à la surface et son subconscient fait appel à Samantha Carter pour résoudre son problème.

2.15 La tour  (The tower) *** L'équipe de Sheppard découvre un peuple qui est protègé par une structure semblable à la tour centrale d'Atlantis. Sheppard et McKay s'y rendent et rencontre des personnes qui utilise la technologie des Anciens, ils voient alors en Sheppard un potentiel successeur au trône.

2.16 Possédés  (The long goodbye) *** L'équipe découvre une navette contenant deux corps en sommeil. Mais en se placant à coté, le Dr Weir et le Colonel Sheppard deviennent les hôtes temporaires de l'esprit de ces deux personnes. Il semble s'agir d'un couple mais ils ne tardent pas à s'attaquer.

2.17 Coup d'État  (Coup d'Etat) **** L'expédition d'Atlantis par à la rencontre d'un genii, Ladon Radim, qui souhaite mettre en place un plan pour renverser le leader actuel de son peuple avant la prise de contrôle de Kolya. Mais l'équipe se retrouve dans une querelle externe et participe malgré elle à un coup d'Etat.

2.18 Traitement de choc  (Michael) *** Le Lieutenant Michael Kenmore se reveil à l'infirmerie d'Atlantis et ne se rappel plus de rien. L'équipe tente de lui expliquer qu'il a subit un traumatisme à cause des Wraiths lors d'une mission. Mais il reste méfiant et pense qu'on ne lui dit pas tout, il découvre alors son origine.

2.19 Inferno  (Inferno) **** L'équipe de Sheppard rencontre le peuple de Tanaris. En pleines négociations, le Dr McKay constate que la situation devient critique et qu'un volcan soutterain va entrer en éruption tandis que Sheppard découvre que ce peuple possèdent un vaisseau des Anciens endommagé.

2.20 Les alliés  (Allies) ***** L'expédition reçoit une transmission étonnante de la part d'une ruche wraith. Il s'agit de celle de Michael qui souhaite se rendre sur la cité afin de mettre en place une alliance pour lutter contre d'autres ruches à l'aide du rétrovirus. Mais une telle colaboration reste très dangereuse.