1.01 Une nouvelle ère partie 1  (Rising part 1) ***** Après une arrivée mouvementée en Antarctique avec le Major Sheppard, le Général O'Neill autorise le Dr Weir a organiser une mission d'expédition vers la cité perdue d'Atlantis après que Daniel Jackson ai déclaré avoir trouvé l'adresse de la porte à 8 symboles.

1.02 Une nouvelle ère partie 2  (Rising part 2) ***** Suite à leur arrivée sur la cité d'Atlantis, l'expédition doit faire face à de grandes difficultés, la cité est sous l'eau et le bouclier menace de s'arreter. L'équipe du Colonel Sumner découvre l'existence d'une espèce hostile, les Wraiths, qui pourraient avoir vaincu les Anciens.

1.03 Invulnérable  (Hide and seek) *** Suite à l'expérimentation d'un objet servant de bouclier personnel, le Dr McKay qui possède à présent le gène des Anciens ne parvient plus à le désactiver. Il va alors être volontaire pour lutter contre une sorte d'entité qui se déplace dans la cité.

1.04 38 minutes  (Thirty-eight minutes) **** En mission, l'équipe du Major Sheppard tombe sur les Wraiths et retourne au jumper mais le Major se retrouve avec un insecte accroché au cou. Pire encore, au moment de franchir la porte le jumper reste coincé dedans, il ne reste plus que 38 minutes avant qu'elle se referme.

1.05 Soupçons  (Suspicions) ** Depuis quelques temps les Wraiths rencontrent régulièrement les équipes d'exploration et le Dr Weir commence à craindre qu'un espion ne soit caché sur la cité. Etant les invités sur Atlantis, les Athosiens menés par Teyla Emmagan sont les premiers à être soupçonnés.

1.06 La fin de l'innocence  (Childrenhood's end) *** L'équipe de Sheppard rencontre un peuple composé uniquement d'enfants qui ont une manière surprenante de lutter contre les récoltes des Wraiths. Mais le Dr McKay trouve un E2PZ qui pourrait expliquer la véritable raison de l'absence de menace, il hésite à l'enmener sur Atlantis.

1.07 Sérum  (Poisoning the well) *** L'expédition découvre un peuple qui présente un don étonnant, les Hoffans, qui ne subissent plus de récoltes des Wraiths. Il sont parvenus à élaborer un sérum qui empèche le wraith de se nourrir d'eux. Le Dr Beckett collabore pour le finaliser, mais il découvre un potentiel risque.

1.08 Apparences  (Underground) *** L'expédition accepte de négocier avec un peuple que Teyla connait quand les ressources de nourritures deviennent insuffisantes. Mais les Geniis semblent dissimuler un important secret sous leurs apparences de simples paysants.

1.09 Retour sur Terre  (Home) *** Pendant une mission, le Dr McKay pense avoir découvert une chose sous forme d'énergie qui serait assez puissante pour leur permettre d'établir un vortex vers la Terre et de rentrer au SGC mais à leur retour ils constatent que les choses ne sont plus les mêmes qu'à leur départ.

1.10 En pleine tempête partie 1  (The storm) **** Les Dr McKay et Zelenka préviennent le Dr Weir qu'une très forte tempête se dirige vers Atlantis et qu'elle pourrait endommager la cité. Par précaution, elle décide de faire évacuer mais c'est à ce moment que les Geniis décident de prendre possession des lieux.

1.11 En pleine tempête partie 2  (The eye) ***** Afin de lutter contre le commando Genii, le Major Sheppard a désactivé un des générateur de la cité mais l'arrivée d'importantes vagues menace Atlantis et McKay tente d'utiliser la foudre pour activer le bouclier. Pendant ce temps Teyla, Ford et Beckett tentent de revenir les aider.

1.12 Duel  (The defiant one) *** Sheppard et McKay partent vérifier l'état d'un satellite surement Ancien avec deux chercheurs quand ils reçoivent l'identification d'un vaisseau wraith écrasé sur la planète proche. Ils décident d'aller le voir et pensent qu'il n'y a aucun survivant et pourtant un wraith se réveil.

1.13 Virus  (Hot zone) ** Partis vérifier certains secteurs de la cité, l'équipe de McKay et Zelenka semble avoir par mégarde libèrée un virus d'un laboratoire qui provoque chez la victime une rupture d'anévrisme. Pour stopper le risque de propagation de l'infection la cité est mise en quarantaine.

1.14 Hors d'atteinte  (Sanctuary) **** L'équipe de Sheppard fait la connaissance d'un peuple qui semble sous la protection d'une arme, ils apprennent que les Wraiths ne sont plus revenus depuis longtemps. L'équipe rencontre alors une femme qui semble possèder des dons, elle accepte de visiter Atlantis.

1.15 Le grand sommeil  (Before I sleep) ***** Lors de l'exploration d'un laboratoire de la cité, l'équipe découvre le corps d'une vieille femme en stase. Ils décident de la ranimer mais à son réveil, la femme déclare être le Dr Elizabeth Weir mais qui s'est rendue sur Atlantis il y a très longtemps, elle a en fait remonté le temps.

1.16 La communauté des quinze  (The brotherhood) *** En parcourant des archives, l'équipe découvre qu'un monde protègait un précieux artéfact. Il semble en fait s'agir d'un E2PZ et il se trouve peut-être encore sur cette planète. L'équipe de Sheppard part alors le rechercher mais un ennemi semble également sur la piste de l'objet.

1.17 Derniers messages  (Letters from Pegasus) *** L'expédition Atlantis découvre que trois vaisseaux ruches se dirigent vers la cité et seront là dans quelques mois. Les membres décident alors d'envoyer le plus d'informations possible au SGC avant d'être attaqués grâce au système de stockage du Dr McKay.

1.18 Sous hypnose  (The gift) ** L'équipe décide d'utiliser les pouvoirs de Teyla qui a toujours pu détecter la présence d'un wraith afin d'obtenir des informations sur les ruches ennemies qui approchent. Teyla peut en effet, grâce à sa partie d'ADN de wraith, infiltrer l'esprit des ennemis mais cela reste risqué.

1.19 Assiégés partie 1  (The siege part 1) ***** Afin de lutter contre l'arrivée des Wraiths, le Dr McKay part avec une équipe pour remettre en fonctionnement un satellite de défence des Anciens. Sur la cité, Zelenka prépart la mise en route de l'autodestruction afin d'empêcher à tout prix les Wraiths de pouvoir atteindre la Terre.

1.20 Assiégés partie 2  (The siege part 2) ***** Les ruches sont arrivées et le combat est lancé. Mais les Wraiths sont nombreux et la cité risque d'être infiltrée rapidement. L'arrivée d'un nouveau contingent militaire du SGC a permit de résister davantage mais il faut trouver un moyen de stopper les vaisseaux ruches en orbite.